IV Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro
09 a 11 de Maio - UFF
Local:
Instituto de Computação - IC-UFF
Universidade Federal Fluminense (UFF)
Endereço:
Av. Gal. Milton Tavares de Souza, s/nº
São Domingos
CEP: 24210-346
Niterói - RJ
Foto divulgação : cortesia do Sr. Saint-Clair Mello.
Palestrantes Convidados
Claude Tadonki
MINES ParisTech Institute
Cristiana Bentes
Universidade do Estado do Rio de Janeiro
Alba Cristina M. A. Melo
Universidade de Brasília
Edson Borin
Universidade Estadual de Campinas (Unicamp)Alba Cristina M. A. Melo, Departamento de Ciência da Computação da Universidade de Brasília
Alba Cristina M. A. Melo possui PhD em Ciência da Computação pelo Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG), França, Mestrado em Ciência da Computação pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) e Graduação em Processamento de Dados pela Universidade de Brasília (UnB). É atualmente Professor Titular do Departamento de Ciência da Computação da Universidade de Brasília (UnB) e Bolsista de Produtividade e Pesquisa PQ 1D do CNPq. Orientou 4 Teses de Doutorado e 22 Dissertações de Mestrado, todas concluídas com sucesso. Orienta atualmente 4 Teses de Doutorado e 2 Dissertação de Mestrado. Seus interesses de pesquisa são atualmente: computação de alto desempenho, programação paralela, aceleradores (GPU, FPGA e Intel Phi), cloud e bioinformática. É Senior Member da IEEE Society e Editora Associada do periódico IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems.
Programação Paralela de Aplicações de Bioinformática em Plataformas de Alto Desempenho: Estudos de Caso em FPGA e GPU
Programação Paralela é um paradigma de programação onde uma aplicação é quebrada em diversas entidades que podem ser executadas simultaneamente. Seu principal objetivo é fornecer meios para que resultados corretos sejam obtidos de maneira rápida. Nessa palestra, será fornecida inicialmente uma visão geral da programação paralela. A seguir, serão apresentados três estudos de caso na área de comparação de sequências biológicas onde os princípios de programação paralela são exemplificados. O primeiro estudo de caso consiste do projeto de um array sistólico executando-se em hardware reconfigurável (FPGA) para comparação de sequências biológicas com o algoritmo DIALIGN (O(n^2)). A seguir, é apresentado um estudo de caso para comparação de sequências de DNA longas com o algoritmo Smith-Waterman (O(n^2)) em clusters de GPUs (unidades de processamento gráfico). Finalmente, o terceiro estudo de caso aborda a comparação e alinhamento simultâneo de duas sequências de RNA em GPU com o algoritmo de Sankoff (O(n^4)).
| Realização | Organização e Execução | Patrocínio |
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